Colocar .cer y .key en la carpeta Generar Archivos PEM

Abrir ExtraerFE en modo de edición
Cambiar nombre de certificado
Ingresar contraseña correspondiente
Cambiar nombre de .key

Indicas 1CER o 1KEY, el número indica la
RazonSocialID especificada en la BD

Cerrar y guardar cambios
Abrir openssl
Ejecutar ExtraerFE

Automáticamente se crearán los dos archivos PEM
los cuales deberá colocar en la carpeta 
'Certificados' que debe estar en la carpeta donde
se ejecuta el Server